Ich habe mir jetzt nicht mehr alles durchgelesen, was du unternommen hast, aber für mich hört sich das Ganze nach und nach immer mehr nach einem Elektroproblem an.
Was du berichtet hast war eine Wasserdurchfahrt mit anschließenden Problemen. Daher neight man zunächst dazu, in diese Richtung zu denken. Ich behaupte, die Wasserdurchfahrt hat rein gar nix mit deinem Problem zu tun und führt auf die falsche Fährte. Alles, was wegen Undichtigkeit reinkommen kann, kann in der Regel auch wieder raus und mittlerweile sollte alles verdunstet sein. Da du die Deckel abhattest, um dein Kickstartenblech zu reparieren, wäre dir auch dort im Bereich Zündkontakte Feuchtigkeit / Öl aufgefallen. Selbiges gilt für die Lima.
Ich behaupte, wir haben es hier mit einem Fehler für's Lehrbuch zu tun.
Die Zündaussetzer sind ja mehr oder weniger beliebig und sie geht bestimmt auch nicht auf den ersten Kick an, um dann wieder auszugehen. Ich setze auf ein defektes Kabel zwischen Unterbrecherkontakt und Kabelbaum. Ich würde an deiner Stelle mal dieses Kabel gegen ein Neues tauschen. Das ist einfach nur mit einem U-Kabelschuh an den Unterbrecher gesteckt, wie du ja eh weißt.
Wahrscheinlich ist das Ding hin, durch die Rumkickerei bekommt es kurz Kontakt und der Motor schüttelt sich zwei Umdrehungen, was genügt, um den Kontakt wieder aufzuheben. Dann kickst du dir wieder den Wolf und irgendwann klappts. Multimeter zeigt Durchgang also denkst du dir nix dabei. Nach dem Limatausch dreht er viermal, weil du das Kabel irgendwie bewegt hast und es jetzt doppelt so schlecht sitzt.
Sollbruchstelle ist übrigens die Kabelführung am Kupplungsdeckel. Wenn da was durchgescheuert ist, wandert der Funke über den Motor direkt fein gegen Masse ab und du hast eine eingebaute Diebstahlsicherung. Wenn das Kabel noch gut aussieht und Durchgang zeigt, hat das trotzdem nix zu heißen.
Tausch das Kabel. Gibt es vermutlich bei allen bekannten Vorverkaufsstellen. Ich hoffe für dich, dass es das ist. Dann wäre die Reparatur einfach und günstig.
OT: Ich hatte mal ein Problem, das genauso blöd zu diagnostizieren war. Ding ging einfach aus. Bin allerdings nicht selbst gefahren. Wurde angerufen, bin dann hin. Erstmal Tank geguckt ... ok, scheint genug Sprit drin zu sein, stand aber auf aber Reserve. Funke konnte ich nicht testen mangels Zündkerzenschlüssel im Bordwerkzeug. Angeschoben, nix. Ewig gekickt. Auf einmal lief sie. Hä? Schnell heim! Vollgas. Aus. Gekickt. Nix. Auf einmal lief sie wieder. Dann im ersten Gang mit 10km/h. Aus. Das ging dann ewig so.
Am Ende war es Folgendes: Die Leitung der Reserve war am Hahn verstopft. Es kam also kein Sprit an. Der Fehler fiel nicht auf, da eigentlich immer vor Reserve getankt wurde. Durch die Schüttelei beim Kicken ist immer wieder etwas Sprit ins höhere Röhrchen geflossen. Ende der Geschichte: Getankt, Benzinhahn gereinigt. Ruhe.